اما نهضتی با این اهمیت و بزرگی با موانع و چالشهای روبه‌رو خواهد بود. یکی از این موانع پیش روی نوخواهی مذهبی، تعصب و  توقف فکری در قرون پیشین است که ما را به جمود و رکود در نظرات علما و متکلمان و اصولیون قدیم ـ که البته در عصر خویش بسیار مترقی و افتخارآفرین بوده است ـ دعوت می‌کند و روح اجتهاد با این جزم‌اندیشی مغایر است. هم از این روست که شریعتی به جای دو اصل «عقل» و «اجماع»، «علم» و «زمان» را مطرح می‌کند.[i] به باور شریعتی مهم‌ترین مخالفان این جنبش، مؤمنین ارثی و برخی متولیان رسمی مذهب‌اند که کمترین تحولی را در فهم مذهبی تحمل نمی‌کنند و هر برداشت را نوعی کفر می‌شمارند.[ii]

دکتر شریعتی شاید از آن جهت که در مباحث دینی و نظرات اسلامی‌اش یک نوع ساختارشکنی نامانوس با خواست و روش دینداران انجام داد، مورد کم لطفی برخی  قرار گرفت. به باور برخی، شریعتی متهم به قربانی خلوص درپای توانایی است.

اهل ایمان چون فقط به توانایی نمی‌اندیشند بلکه به خلوص اندیشه دینی هم می‌اندیشند، گاه کارهای شریعتی مقبول آنان نمی‌افتد. اینجا است که دغدغ? خلوص گاه توانایی را می‌ستاند و دغدغه‌های توانایی گاه خلوص را.[iii]

دکتر شریعتی همانطور که نقاد خوبی بود، به نقادیِ خوب هم نیاز دارد. زیرا توقف در او و پذیرش بی‌چون و چرای نظرات او ثمری ندارد. برخی او را بخاطر اینکه فقط شریعتی است به باد انتقاد می‌گیرند. اینان کسانی‌اند که اگر از کسی هم طرفداری کنند، از روی چاپلوسی است نه از سر درد و دلسوزی. و برخی از او بتی می‌سازند که گاه مجال دفاع از شخصیت او نیز از مدافعان راستین سلب می‌شود. هم تسلّب و هم تسرّع در رأی به یک میزان خطرناک است.

باید نیک بیندیشیم که «در فضایی که ستایش‌های تملق‌آمیز از یک سو و ناسزاهای تند از سوی دیگر و در یک کلمه «گزافه‌گویی» جای داوری منصفانه را می‌گیرد، دست‌یابی به شخصیت واقعی اشخاص دشوار و احیاناً نامیسر است. اگر ما داوری درست دربار? خودیها را با ستایشهای بی‌حساب و مطلق‌نگریهای گزاف، سودزا کردیم؛ طبعاً جواز ناسزاگویی و دشنام را به جای داوری، به مخالف معارض داده‌ایم. این شیوه‌ای است که در اثر آن، آنچه مکتوم می‌ماند، حقیقت است و آن‌که مظلوم واقع می‌شود، مردمی هستند که رشد و کمال شخصیت آنان در گرو درک خردمندانه حقیقت و شناخت مصلحت واقعی است».[iv]